비정기적 수당의 퇴직금 산입 여부

안녕하세요, 퇴사자 발생으로 인해서 퇴직금 산정시 불확실함이 있어서 카페에 글남깁니다.

작년에 설립한 기업이며 산자부 국책과제 4개를 진행하고 있습니다.
사업비 예산에 연구수당이란 세목이 있고 매년 필수 계상해야됩니다.

연구수당은 참여연구원에게 근로소득으로 처리하였습니다.

한분이 이번에 퇴사하게 되어 퇴직금을 산정하고 있는데, 연구수당도 평균임금에 포함시켜야되나 말아야되나
고민중에 있습니다.

회사에는 여유자금이 없는데 어쩔수 없이 과제 필요조건으로 잡아야하는 부분이라 드린 돈이긴한데
퇴직금으로 상여로 들어가게 되면 퇴직금이 늘어 회사입장에서는 많이 부담이 됩니다.

관련 근로기준법 및 아래와 같은 법정사례를 알아본바 원칙적으로 지급사유의 발생이 불확정적이고 일시적으로 지급되는 특별상여금은 임금의 성질을 갖는 것에서 제외할 수 있다고 읽었습니다.

상여금이 계속적·정기적으로 지급되고 그 지급액이 확정되어 있다면 이는 근로의 대가로 지급되는 임금의 성질을 가지나 그 지급사유의 발생이 불확정이고 일시적으로 지급되는 것은 임금이라고 볼 수 없으며, 또한 그 상여금이 퇴직금 산정의 기초가 되는 평균임금에 산입될 수 있는지의 여부는 특별한 사정이 없는 한 퇴직 당시를 기준으로 판단하여야 한다( 대법원 1998. 1. 20. 선고 97다18936 판결).

ㅡㅡㅡㅡㅡㅡ
위처럼 퇴직금으로 미포함 시켜도 되는 것 같은데 나중에 문제가 안될지 궁금합니다.
국책과제에 잡혀있는 연구수당은 과제 협약시 누구에게 얼마 비율로 가져갈지 정해있는 것도 아니고 과제 중도 중지시 받을 수 있는 금액도 아닙니다. 사업비 집행 인정 규정에는 참여 연구원의 기여도에 맞게 과제 책임자가 임의로 지정하여 당해년도 과제기간이 종료 되었을 시 집행이 가능합니다.

지금 진행하는 과제만 4개라 연구수당으로 잡힌 금액이 상당합니다. (연 5천만원 이상)

1. 만약에 퇴직금으로 포함시켜야된다면
퇴사 직원이 1월달에 연구수당을 받고 8월에 퇴사한다면 직전 3개월에는 평균값으로 안잡히잖아요?
그럼 상여금으로 3/12 하는 것이 맞나요?

2. 퇴직금 불포함 가능시
퇴사 직원이 7월달에 연구수당을 받았으면 직전 3개월에 포함되기 때문에 어찌?던 평균임금 값에 들어가나요?

미리 감사인사드립니다.

감사합니다.