단시간 근로자 휴게시간은 어떻게 부여하나요?

안녕하세요? 단시간 근로자의 휴게시간부여에 대한 질의입니다.

1일 6시간 주 6일근무하기로 근로계약을 체결하고 근무하고 있으며, 1. 단시간 근로자이기 때문에 근로계약시간에는 30분의 무급휴게를 부여받고 있습니다.

이때, 연장근무를 3시간 한다고 하면 총 근로시간이 9시간이 되어서 회사에서는 연장근무시간에서 30분의 무급휴게시간을 공제하는 것이 맞다고 합니다.

제가 생각할 때 6시간 근로계약이기 때문에 근로계약 시간에서 30분 무급휴게, 또 근로기준법에 나온대로 4시간 이상이면 30분의 무급휴게 이므로 연장에서 30분을 무급공제하는 것은 아닌것 같습니다.

연장근로는 양 당사자간의 계약으로 근로계약이 종료된 이후 발생하는 새로운 근로계약의 형태로 연속근무는 단절되고 새롭게 근무시간을 산정하는 것이 맞지 않는지요?