부당대우에 대한 퇴사는 어떻게 처리되나요?

안녕하세요, 보건업종 사무직(인사팀)에 종사하였던 사람입니다.

제가 근무하였던 회사는 주로 2년 계약직 이후 정규직 심사 이후에 채용이 되는 시스템이며, 사실상 정규직이 되는 직원은 많지 않습니다..

또한 전문 지식을 갖춘 경력자가 아닌, 병원직(콜센터, 데스크 등)에서 오래 근속한 직원들이 인사팀장, 홍보팀장 등으로 앉아있는 현실입니다..

본론으로 들어가서, 저는 부당대우라 느끼는 부분이 있어 참고 지속적으로 면담을 하였지만 결국 자발적 당일퇴사를 하였습니다.

근무한 곳은 병원이였고 제가 인사담당자 였기에 1년 계약을 갱신할 직원 또는 의료진이 있다면  
"의료진 관련 근로계약을 작성 후 -> 사무장의 최종 승인을 받아 완료 -> 서류봉투에 별도 밀봉 후 각 지점(5개 지점있음) 실장에게 전달 ->
실장이 지점 대표원장에게 전달 -> 대표원장이 계약 갱신 당사자와 계약서 작성 진행 -> 인사팀 재전달 -> 사본전달" 

과 같은 절차를 거치게 됩니다. 
이 부분에서 저는 밀봉 후 지점실장에게 까지 전달하였지만, 지점 실장의 실수로 대표원장이 아닌 갱신 계약 당사자에게 전달되었고
당사자 의료진이 직접 싸인 후 대표원장에게 전달되는 사태가 발생하였습니다.
이 부분에서 지점 실장이 잘못을 시인하여, 대표원장에게 보고 후 문제없이 대표원장 라인에서 일이 처리가 되었습니다.

하지만 그 다음날 바로 저에게만 사실확인서를 작성하라고 되어 있었고 잘못한 부분이 없고, 계약서 전달 과정에서 발생한 부분을
확인 하기 위한 사실확인서라기에는 실수를 한 지점실장(정규직)이 아닌, 저만 작성하게 하는 부분이였습니다.
1차 팀장 면담 당시 작성을 거부 하였으나, 10일 정도가 흘러 사무장은 면담을 통해  '의료진 프로세스에 대한 업무 처리 방법'을 서면으로
제출 해 달라고 하였고 그 부분은 동의하여 업무처리 방법을 서면으로 작성하여 제출하였습니다.

하지만 사무장은 처음 말과 달리 그날(계약서를 전달하였던 날) 있었던 부분을 작성해 달라고 하였고, 저는 제가 업무한 내용(전달 사항)만
서술하여 수정하여 보고하였습니다.
이 후 또 다시 저에게 상단에 '업무 보고서 -> 사실확인서'로, 하단에 그날 있던 내용을 상세하고 구체적으로 실명까지 거론하여
2차 수정하라는 지시가 내려왔고 이 부분에서 "사실확인서란 부분은 저 혼자 작성하는 부분은 아닌 것 같다" 라고 하였지만
그 부분은 추 후 논의할 부분이라며 수정만을 지시하였습니다.

 이러한 사실확인서 작성 관련하여 1차 팀장과의 충분한 면담을 통하여 작성 거부의사를 밝힌 뒤, 업무 담당자인 저는 모르게
각 자 팀장에게 제출하는 업무보고서 중 다른 직원 보고서 하단에  "ㅇㅇㅇ선생이 없어도 업무를 할 수 있도록 매일 무조건 업무를 알아둬라"
 라는 메모가 지속적으로 작성되어 있었으며 업무에 있어서 배제되어 왔습니다.

이 부분에 대하여 팀장과 사무장 모두에게 면담을 하였지만, 두 사람은 해당 부분을 지시한 이유에 대하여 다른 답변을 하였고
저는 결국 사실확인서 2차 수정 부분에서 부당함을 토로하며 당일, 자발적 퇴사를 하였습니다.

1. 위와 같은 부분에서 제가 자발적 퇴사지만 부당하게 당한 처사에대해 요청할 수 있는 부분은 없나요?

2. 회사에서 사실상 업무적  퇴사를 처리한 부분이지만 4대보험 상실신고를 하지 않은 상태고,
 추가근무수당과 연차수당 및 세금처리가 올바르게 되지 않았습니다. 3번이나 요청한 부분인데, 신고할 방법은 없나요?

3. 사직서를 이미 작성하고 퇴사했음에도, 또는 수습기간 해고 통보에 작성하지 못한 직원의 경우에도
사직서를 임의로 (개인사유) 조작하는 경우가 있었습니다.
이 부분은 내부고발이 어려운 부분인가요?

이야기가 길어 졌습니다...
 어디에 하소연 할 곳도 없고 열심히 일해왔는데 부당함에 뒤통수 맞은거 같아 억울하네요..

도움 요청 드립니다.