연장근로시간 계산

연장 근로 시간 계산에 관한 질문입니다.

시업시간이 09:00이고 종업시간이 18:00입니다.

단 출근 시간은 노사협의회에서 08:40분으로 정했습니다. 어길시 벌금 등의 불이익이 있습니다.

연장 근로는 사업주의 명령에 의해서 하도록 되어있습니다. 그런데 업무 특성상 좀 더 일찍 조기 출근해서 업무를 시작해야 하는 직원도 있습니다.

현재 연장 근로는 1시간 단위로만 계산하고 있습니다. 즉 조기 출근의 경우 08:00까지 출근했을 경우 1시간 인정하고 18:00 이후에도 1시간 단위로만 인정하고 있습니다. 

연장근로를 1시간 단위로 계산하는 것이 위법 사항인지요? 

연장근로를 출퇴근기에 찍힌 시간으로 계산해서 지급하는 것이 맞는지요? (예: 08:20~18:20까지 근무했을 경우 1시간 인정)

답변 부탁드립니다.