직급 변경시 퇴직금 및 고용보험을 모두 정산하고 신규로 근로계약서를 작성하는게 맞나요?

2015년 07월   기간제 근로자.[연구보조원]로  입사해서   기본급 (1,660,000) - 공제= 실수령액 (1,500,000)을 받고 근무하였습니다. 호봉제.. 

시간이 지나 알고보니, 다른부서의 예산으로 저의 월급이 지급되고, 근로계약서에 명시된 부서와 일하는 부서가 다르다는 걸 알았습니다. 

예산이 없는 부서라 다른 곳에서 빌릴 수 밖에 없는 상황이라 ,,문제가 되진 않을거 같아서 계속 근무를 했습니다.

이후 예산을 지원해주던 부서가 변경이 됩니다.

2016년 02월 기간제 근로자(연구원)로 "전보" 형식으로 처리되고 기본급(1,600,000) + 각종수당 - 공제 = 실수령액(1,750,000) 인 연봉제로 변경됩니다.

기본급은 낮아졌으나 실수령액이 높아져서 크게 문제되지 않을거라 생각했습니다만..ㅠㅜ,

현재,

2018년 1월 ,2월, 속해있던 부서가 따로 소속기관으로 분리되면서 지침을 새로이 개정함과 동시에, 제 직급도 변경해야 한다고 하는데요.

질문 1.  "규정에 연구원에서 보조원 전환시 퇴사 절차 후 새롭게 근로계약서를 작성한다"라고 되어 있는데..(참고로 규정을 첨부합니다.)

제**조(연구원의 근로계약서 작성) ①00는 기간제 근로자인 연구원에 대해 다음 각 호의 사유 발생시 근로계약서를 작성한다.
1. 연구원으로 최초 입사시
2. 연구원으로 종전 근로계약 갱신시
3. 보조원 등에서 연구원으로 전환시
②제1항제3호 보조원 등에서 연구원으로 전환시 고용보험 등 사회보험은 모두 상실 후 신규 취득의 절차를 거치며, 퇴직연금은 퇴사에 따른 정산 후 신규 가입한다.

제1*조(보조원의 근로계약서 작성) ①00는 기간제 및 무기계약 근로자인 보조원에 대해 다음 각 호의 사유 발생시 근로계약서를 작성한다.
1. 보조원으로 최초 입사시
2. 보조원으로 종전 근로계약 갱신시
3. 보조원으로서 기간제에서 무기계약으로 전환시
4. 연구원에서 보조원으로 전환시
②제1항제4호 연구원에서 보조원으로 전환시 고용보험 등 사회보험은 모두 상실 후 신규 취득의 절차를 거치며, 퇴직연금은 퇴사에 따른 정산 후 신규 가입한다.

일단 위 전환시 규정이 법에 위배되는건 아닌지 알고 싶습니다.

위 조항대로 가능하다면, 직급 변경으로 기간제 근로자 근무년수가 2년이 넘어도 무기계약 전환을 해주지 않아도 문제가 없나요?

만약 제가 연구원에서 연구보조원으로 직급변경을 해야 된다면 2년 ..대략 3년 근무한 경력을 모두 정산하고 다시 새롭게 계약서를 써야 하는 건가요?  이전에 "전보"라는 방식은 통용 안되는 건가요?? 

질문 2. 변경을 하게 되면 급여를 어떻게 보장 받아야 하나요?  담당자분은 급여를 삭감하시려는거 같은데....

혹시 삭감될 경우 근로기준법에 어느정도 보장된다고 봤던거 같은데...

기본급을 기준인가요,,,아니면 실수령액 기준으로 보장이 되는 건가요,

제가 위에 그동안 받았던 급여를 같이 작성을 했는데 담당자 분이시면 최소 어느정도는 보장되어야 하는지 뒷받침되는 조항도 같이 알려 주시면 감사하겠습니다.

몰라서 억울한게 너무 많습니다. 그래도 여기 친절하게 설명해주시는 곳이 있어서 너무 너무 감사합니다.

제 질문에 혹시 판례나 도움이 될 무엇이든 좀 더 알려주시면 더 감사할거 같아요 ^_^  항상 힘내시구요`