변형근로시간제에 따른 연차수당의 누락

안녕하세요. 제가 급여를 받는데 몇 가지 의문점이 생겨 질문드립니다.

일단 급여지급내역서를 확인하고 제가 익히 알던 방식이 아니라서 회사에 문의하고 회사가 지급하는 시스템을 들었는데요.

그 말을 듣고 더 의문점이 들었어요. 이게 근로기준법을 준수하는 지급 방법인가 의아하더라고요.

그 내용에 대해 이해하기 쉽게 요점만 간단히 써보겠습니다.

일단 계약서에는 월~금요일 8시간씩을 기본 근로일, 근로시간으로 하되, 근로일과 근로시간은 사전협의를 통해 변경할 수 있다 되어 있습니다.

업무 특성상 주말근무는 무조건 해야 하고, 그렇게 수정된 스케줄에서 제 근무 시간은 연장이 있는 날을 제외하고 7.5시간이 기본입니다.

근로일은 회사와의 말을 통해 조정이 가능하고 주4일을 일하기도, 주5일을 일하기도 합니다. (대체로 주5일을 일하긴 합니다)

아마 변형근로시간제를 이용한 탄력적 조정이라고 생각되어집니다. 그것까지는 납득했습니다.

그런데 요번 급여에서 연장수당과 연차수당(1년 미만임)은 지급이 안 되었더라고요. 그래서 문의했더니 회사의 지급시스템은 이러했습니다.

급여계산에 포함된 일수 내에서 월~금요일의 수를 세어서 그 총합을 소정근로일로, 곱하기 8을 소정근로시간으로 계산하더라고요.

일단 제게 배정된 스케줄인 실근로일과 실근로시간은 전혀 다른데 말이죠.

결론적으로 제 근로는 연장 없이는 소정근로시간보다 적게 산정이 되는데,

그렇게 근로시간이 자연스레 채워지지 않았다는 이유로 (예를 들어 150시간 근로시간이 되는데 스케줄 상 135시간 근로했다거나)

만근으로 치지 않기 때문에 연차수당이 없다는 겁니다.

솔직히 연장수당은 탄력적 근로시간제 때문이라고 생각해서 평균 주 40시간을 초과하진 않아서 그렇다 치는데,

애초에 연차는 소정근로시간이 아니라 소정근로일로 계산해야 하지 않나요? 그걸 시간으로 바꿔서 그 시간을 못 채우면 안 준다는 게 원래 관련법상 가능한 건가요? 이게 변형근로시간제 때문에 헷갈립니다. 이 제도를 적용하면 그렇게도 될 수 있겠다 싶었거든요.

그리고 한 동료는 20일이 소정근로일이면 그 달, 딱 20일 근로했는데 역시나 20*8인 160시간을 채우지 못했기 때문에 연차수당이 지급이 안 되었더라고요.

이렇게 지급하는 것이 관련법으로 가능한 것인지가 궁금합니다. 가능하다면 할 말이 없지만 변형근로시간제가 참 사용자가 이용해먹기 좋은 제도 같아서 의문이 들어 질문 드려요.

요약 : 변형근로시간제에서 법정근로시간을 기준으로 삼아 법정근로시간 미달이면, 실제로 합의된 근로와 상관없이 연차수당을 미지급하는 게 가능한가요? 서류상에 법정근로시간을 소정근로시간으로 써두고 변경될 수 있다는 말만 써놓으면 가능한지 궁금합니다.

어떤 결론이든 명쾌한 답 부탁드릴게요!